Für den VfL Wolfsburg und Bayer Leverkusen absolvierte Sebescen insgesamt 72 Bundesligasspiele und erzielte 13 Tore. 2001 war Sebescen für rund 6,3 Millionen Euro vom VfL Wolfsburg' zu Bayer Leverkusen gewechselt.

Kurzes Gastspiel in der deutschen Nationalmannschaft
Zu seinem einizigen Länderspiel kam Sebescen am 23. Februar 2000 gegen die Niederlande. Er war der erste deutsche Nationalspieler des VfL Wolfsburg. Nach nur 8 Bundesligaspielen berief der damalige Bundestrainer Erich Ribbeck den offensiven Mittelfeldspieler in die deutsche Nationalmannschaft. Allerdings musste Sebescen in der Abwehr antreten und konnte seine Stärken dementsprechend nicht ausspielen. An beiden Toren der Niederländer war Sebescen beteiligt und wurde zur Halbzeitpause gegen Sebastian Deisler ausgewechselt. In den darauf folgenden Tagen wurde er von der Presse zerrissen.

Champions-League-Finale gegen Real Madrid
Der Höhepunkt seiner Karriere war das Champions-League-Finale von Bayer Leverkusen gegen Real Madrid am 15.Mai 2002. Obwohl er bereits am Knie verletzt war, trat er in diesem denkwürdigen Duell mit Zinedine Zidane und Co.an, und verschob eine geplante Meniskus-Operation. Nachdem er dann endlich operiert wurde, verlief die Heilung des lädierten Knies katastrophal. Er wurde nie wieder richtig fit. Bayer Leverkusen verlängerte den Vertrag nach der Spielzeit 2003/2004 nicht mehr und Sebescen wurde vereinlos.

Karriere-Ende nach zahlreichen Operationen
Im August 2005 beendete Zoltan Sebescen im Alter von 29 Jahren seine Karriere. Nach sechs Operationen binnen zwei Jahren am linken Knie war Schluß für ihn. "Es war eine schöne, bewegte und kurze Fußball-Karriere mit einem Scheißende", sagte Sebescen abschließend.