Vier Kreuzbandrisse in der Profikarriere:
Den Kreuzbandriss im Knie, der für die meisten Fußballer der 1950er und 1960er Jahre noch das Karriereende bedeutete, erlitt Jens Nowotny in seiner Profikarriere insgesamt viermal. Nowotny erholte sich stets von dieser schwersten aller Fussballer-Verletzungen. Erstmals ereilte Nowotny diese Verletzung am linken Knie im Jahr 1991 zu seiner Zeit beim Karlsruher SC. Am 30. April 2002 und am 26. Januar 2003 hatte der Bayer-Kapitän im rechten Knie jeweils einen Kreuzbandriss erlitten. Am 19.02.2005 ereilte ihn im Bundesligaspiel 1. FC Nürnberg gegen Bayer Leverkusenzum vierten Mal dieses Schicksal.

Vom Training ausgeschlossen:
In der Saison 2005/2006 wurde Nowotny zwischenzeitlich vom Spielbetrieb bei Bayer 04 Leverkusen ausgeschlossen, nachdem er den Verein erfolglos wegen Lohnfortzahlungen im Krankheitsfall vor dem Arbeitsgereicht Solingen verklagt hatte. Er durfte zwar weiterhin mit der Mannschaft trainieren, medizinische Behandlung in Anspruch nehmen und bezog auch weiterhin sein Gehalt, schien aber nie mehr für Bayer spielen zu dürfen. Beide Fronten konnten sich jedoch wieder einigen, so dass Nowotny am 20. Spieltag erstmals wieder für Bayer Leverkusen auflief und sogar überraschend von Bundestrainer Jürgen Klinsmann in den Kader der deutschen Weltmeisterschaftsmannschaft von 2006 nominiert wurde.

Weltmeisterschaft 2006 in Deutschland
Bei dem Weltmeisterschafts-Turnier in Deutschland bestritt er bei der Partie um den dritten Platz gegen Portugal das erste und einzige Weltmeisterschafts-Spiel seiner Karriere. Die Nominierung Nowotnys durch Klinsmann überraschte viele Experten, galt jedoch als geschickter Zug. Der Abwehrchef von Bayer Leverkusen sollte mit seiner jahrelangen Erfahrung im Profigeschäft den jungen und unerfahrenen Mannschaftskollegen bei Bedarf beratend zur Seite stehen. Obwohl Nowotny für das letzte große Turnier seiner Karriere nicht für die Stammelf vorgesehen war, konnte Klinsmann sich sicher sein, das Nowotny nicht lautstark einen Stammplatz fordern würde. Gleichzeitig war Nowotny aufgrund seiner spielerischen Klasse jederzeit in der Lage, bei einem möglichen Einsatz die deutsche Abwehr zu stärken. Hierzu kam es in der letzten deutsche Partie des Turnier. Nowotny lieferte eine tadellose Partie in der Innenverteidigung der deutschen Nationalmannschaft ab.

Karriereende
Jens Nowotny beendet am 21. Januar 2007 im Alter von 33 Jahren mit sofortiger Wirkung seine Karriere. Eine neuerliche Knieverletzung habe den Ausschlag gegeben, begründete der Abwehrspieler im Sportmagazin «Kicker» seinen Rücktritt. Nach 334 Bundesliga- und 48 Länderspielen sowie zehn Spielen für den kroatischen Erstligisten Dinamo Zagreb hörte er nach einem Meniskusschaden auf. Nowotny hatte bereits vier Kreuzbandrisse sowie weitere schwere Verletzungen erlitten.